Las relaciones diplomáticas entre la República de Honduras y la Soberana Orden de Malta se establecieron oficialmente en 1959. Estas relaciones se consolidaron con la firma de un Acuerdo Postal en 1986, lo que marcó un paso inicial en la cooperación institucional.

En 1991, la Orden de Malta amplió su presencia en Honduras mediante la creación de dos estructuras permanentes: la Embajada y la Asociación Hondureña, ambas dedicadas a asistir a los pobres y necesitados bajo el lema Tuitio Fidei et Obsequium Pauperum.

El 25 de abril de 2014, el presidente Juan Orlando Hernández realizó una visita oficial al Gran Maestre Fra’ Matthew Festing en Roma, en agradecimiento por las contribuciones humanitarias de la Orden en Honduras.

El 4 de marzo de 2015, se firmaron dos documentos fundamentales: un Acuerdo de Cooperación entre Honduras y la Orden, y un Memorando de Entendimiento entre Honduras y Malteser International America, con el fin de fortalecer la colaboración en salud y asistencia humanitaria.

El 26 de noviembre de 2015, la Soberana Orden de Malta fue admitida como Observador Extra-Regional del Sistema de la Integración Centroamericana (SICA), lo que le permite participar activamente en programas médicos y humanitarios en la región, especialmente en situaciones de desastres naturales.

En febrero de 2016, Fra’ Matthew Festing visitó Honduras durante su primera gira oficial por Centroamérica. El 18 de febrero, fue recibido por el presidente Hernández en Tegucigalpa, donde mantuvieron una reunión de trabajo centrada en la cooperación en salud, respuesta a desastres y cambio climático. El 21 de febrero, el Gran Maestre asistió a una misa celebrada por el Cardenal Óscar Rodríguez Maradiaga en la catedral de Tegucigalpa y luego lo visitó en su residencia. Ese mismo día, en una ceremonia en el Congreso Nacional, la vicepresidenta Gladys Aurora López expresó públicamente el agradecimiento por el apoyo brindado por la Orden en áreas como educación, salud y respuesta a emergencias.

Actualmente, la Orden trabaja activamente en todo Honduras junto a ONGs internacionales como Americares, World Relief, Food for the Poor, Direct Relief, World Help y la National Cancer Coalition, llevando atención sanitaria y ayuda humanitaria a los más necesitados.